贡菊的主要病害是霜霉病，其危害重、发病面积大。贡菊霜霉病一年流行两次：春季发病，危害菊苗，轻者成为弱苗，重者枯死缺苗；秋季发病在菊花的现蕾初期，花梗、花蕾、叶片发病枯死，造成绝产。
霜霉病菌潜伏在留种母株内，当母株生出幼芽时，病菌就侵入幼芽，当温湿度适宜时（以8-15℃最适宜），产生孢子囊向周围传播。把带病的苗栽入田间，若遇低温多雨，造成苗期霜霉病流行（病叶的背面和嫩茎长出一层白色霜状物）发病重的病苗枯死。发病轻的成为弱苗， 秋季开花少而小。2001年，天气干旱，病害发生轻，贡菊大丰收。2002年，冬暖、春寒、多雨，贡菊苗发病早、危害时间长，是再夺丰收的不利条件。
防治方法：防治贡菊霜霉病的最好的方法，是茎尖组织培养，脱掉霜霉病和病毒病，用这种无病苗，可以增产30-50%，应该受到重视。药剂防治是重要措施，但值得注意的是，霜霉菌极易产生抗药性，不能连续使用一种农药，几种农药轮换使用。
1、霜霉咸：又名普力克，为内吸杀菌剂，是目前防治霜霉病的高效药剂，它还能刺激植物生长。该药为12.2%水剂，用600-800倍喷雾。
2、克露：有保护和治疗作用。该药剂为72%可湿性粉剂，用450-600液倍液喷雾，隔7天喷药1次。
3、铜大师：又名氯化亚铜，有保护和治疗和作用。该药为86.2%可湿性粉剂，用800-1200倍液喷雾，还能兼治其它病害，10天喷药1次。
4、乙磷铝：又名疫霜灵，该药有保护和治疗作用，有40%和80%的可湿性粉剂，用80%的可湿性粉剂400-500倍液喷雾。1984年以后，防治菊花霜霉病曾用过该药，若已产生抗药性则不能使用。