丹皮就是牡丹的根皮。采收丹皮以牡丹秋季落叶后至次年早春出芽前为宜。因为在这段时间内根部储存了大量的养分，等早春地上部出芽后才开始消耗，所以在这段时间内采收的药用价值高，质量好，还有利于牡丹的繁殖和培育。
采收时根据栽培时间的长短来确定挖沟的范围。栽培时间越长，挖土范围要大些，做到整蔸起挖，切勿挖断，以免影响丹皮质量。起挖后，用锋利的刀把牡丹根从蔸部削下来，也可用手将根从蔸部掰下来，但都不能弄断根。削下的根根据长短、粗细扎成小把，放在阴凉潮湿的地方，在24小时之内加工。
将整理好的根分批洗净，用薄竹片轻轻刮去根上表皮，注意不要刮断或刮伤根肉。将刮去表皮的根放在清水中浸泡，水能淹没根即可。当有少数根呈淡红色时捞出，稍沥水，立即放到事先备好的火炕架上用硫磺熏蒸。火要旺，一般每5公斤鲜根用硫磺10克。熏蒸时应勤翻动，约20分钟后取出。冷却，抽去木心，细根放在木凳上，用木板轻轻一拍，即可将木心取出，但拍时不能过重，如拍成碎片，则影响等级。抽去木心后的牡丹根皮，就是丹皮，应立即炕干或晒干，用木箱储存，待售。